Ο Οργανισμός διαθέτει εννέα (9) Κεντρικές Διευθύνσεις και εννέα Περιφερειακές Διευθύνσεις στις έδρες των αντίστοιχων περιφερειών. Οι νησιωτικές περιοχές υπάγονται στις πλησιέστερες υφιστάμενες περιφέρειες (π.χ Κέρκυρα και Λευκάδα στην Περιφερειακή Διεύθυνση Ηπείρου). Το οργανόγραμμα του ΟΠΕΚΑ, διασφαλίζει την πανελλαδική διάρθρωση του Οργανισμού και διατηρεί τις δομές του ΟΓΑ ως έχουν χωρίς καμιά κατάργηση.
